Apesar de ser uma operação segura, existem algumas contraindicações para se realizar a cirurgia para correção de erros refrativos. A maioria delas está relacionada a outras condições oculares.

É o caso de doenças como herpes ocular, diabetes e doenças autoimunes, que podem comprometer a cicatrização da cirurgia, dificultando ainda mais a visão se não estiverem bem controladas.

A cirurgia refrativa também não é recomendada em caso de condições como ceratocone e catarata, uma vez que só a cirurgia refrativa seria ineficaz para o tratamento dessas doenças.